Un nouveau type de virus géant, baptisé «Pithovirus», a été découvert dans le sol gelé de l'extrême Nord-Est sibérien. Enfoui dans le sol, ce virus géant, inoffensif pour l'Homme et les animaux, a survécu à plus de 30 000 ans de congélation. Bien que sa taille et sa forme en amphore rappelle celles de Pandoravirus, l'analyse de son génome et de son mode de réplication prouve que Pithovirus est très différent.

Ces travaux, réalisés par des chercheurs du laboratoire «Information génomique et structurale» (CNRS/AMU), associés à des équipes du laboratoire Biologie à grande échelle (CEA/Inserm/Université Joseph Fourier), du Génoscope (CEA/CNRS) et de l'Académie des sciences de Russie, portent ainsi à 3 le nombre de familles distinctes de virus géants. Ces virus sont visibles en microscopie optique, du fait d'un diamètre supéfieur à 0,5 micron, et renferment un très grand nombre de gènes par rapport aux virus courants (les virus comme ceux de la grippe ou du SIDA contiennent une dizaine de gènes).
L'étude montre que des virus peuvent survivre dans le pergélisol (couche de sol gelé en permanence des régions arctiques) sur des périodes quasiment géologiques, c'est-à-dire sur plus de 30.000 ans (correspondant au Pléistocène supérieur). Cette démonstration a des implications importantes sur les risques de santé publique liés à l'exploitation des ressources minières et énergétique des régions circumpolaires que le réchauffement climatique rend de plus en plus envisageable. La résurgence de virus considérés aujourd'hui comme éradiqués, tel celui de la variole dont le processus de réplication est similaire à celui des Pithovirus, n'est désormais plus du domaine de la science-fiction. La probabilité d'un tel scénario devrait être estimée de manière réaliste. Le laboratoire «Information génomique et structurale» s'y attèle d'ores et déjà.

Les virus, membres de la grande famille du vivant ? Pas question, disait-on depuis leur découverte.

Les arguments ne manquaient pas : trop petits ; pas assez de gènes ; et surtout trop assistés. Car pour se reproduire, un virus, qui n'a pas de machinerie pour copier son matériel génétique ni fabriquer ses protéines, doit infecter une cellule. Bref, ils étaient relégués au rang d'assemblage inerte, un simple petit ruban d'ADN ou d'ARN dans une botte. Et voilà qu'en 2003, on découvre Mimivirus, un virus géant. Puis, dans la foulée, Mamavirus, Marseillevirus, Megavirus chilensis. Tous avec un gabarit et un génome plus gros que ceux de certaines bactéries, une machine pour copier l'ADN en ARN, et des gènes, censés être une exclusivité des "vivants certifiés".
Cela suffit pour qu'une partie des spécialistes affirme que ces virus sont vivants. Ils descendraient de parasites unicellulaires classiques, qui auraient évolué en réduisant leur génome et leur machinerie au maximum. On connait des bactéries qui ont suivi cette voie et dépendent totalement d'une cellule. À une différence près : elles ont gardé leurs ribosomes (les machines à protéines). Ah oui, mais pour certains biologistes, ça change tout. Tous les êtres vivants ont des ribosonnes : pas de ribosonnes, pas de carte de membre du vivant ! Quant aux gènes suspects, ils soupçonnent Mimivirus et Cie de les avoir volés (pratique courante chez les virus) il y a longtemps à un hôte. Alors, coupable ou innocent ? Inerte ou vivant ? Et si l'erreur était de croire qu'il y a une frontière nette entre les deux mondes ?

Les Mimivirus, découverts en 2003 par deux équipes dirigées par le Professeur Didier Raoult, représentent le plus grand groupe de virus à ADN connu, possédant 900 gènes à eux seuls.

Ils ont été repérés dans des amibes, êtres unicellulaires se trouvant notamment dans les circuits de refroidissement d'eau des systèmes de climatisation. L'originalité de ce virus vient de sa taille et de sa vulnérabilité à être infecté par des petits virus : les virophages. En milieu naturel, c'est-à-dire au sein des amibes. les Mimivirus vivent en "communauté". Ils partagent leur espace amibien avec d'autres organismes tels que des virus et des bactéries. Des échanges constants de gènes chez ces microorganismes à vie intra-amibienne, aussi bien entre eux qu'avec leur hôte protozoaire, ont permis cette évolution vers une vie en "communauté".
Une collaboration franco-américaine (impliquant des chercheurs du CNRS, de l'Université de la Méditerranée et de l'Université de Provence) a cultivé de manière isolée le Mimivirus. En laboratoire, seul dans une amibe et sans contact avec d'autres microorganismes, les chercheurs ont observé, en évolution accélérée (seulement 150 passages), une réduction de 17 % de la taille de son génome. Cette perte génomique se fait pour l'essentiel par la perte d'un fragment d'ADN aux deux extrémités de son génome. En absence d'autres microorganismes et donc de compétition au sein de l'amibe, le Mimivirus élimine alors, une partie de son génome en supprimant notamment les gènes impliqués dans la formation de longues fibrilles qui entourent son enveloppe. Le Mimivirus devient ainsi "chauve". Les chercheurs ont également observé qu'il devenait résistant aux virophages. Ce travail montre qu'un changement d'écosystème peut être associé à une modification majeure et rapide du génome des microorganismes.

Mammavirus, qui s'attaquent à des amibes, est parasité par le virus Spoutnik, qui a besoin de m'infecter pour se multiplier.

Les virus peuvent s'infecter entre eux ! C'est ce qu'a conclu en 2008 l'équipe de Didier Raoult, virologue à l'hôpital de la Timone (Marseille), en étudiant un virus géant, Mammavirus, découvert la même année dans l'eau d'une tour de refroidissement parisienne. Sa particularité ? Mammavirus, qui infectent des amibes (animaux unicellulaires), est aussi gros qu'une bactérie. Et abrite parfois en son sein un intrus huit fois plus petit que lui que les chercheurs ont baptisé Spoutnik. Ils ont remarqué que ce dernier semble parasiter Mammavirus, entravant sa reproduction. Et piles a absolument besoin de l'infecter pour se multiplier. Aucun doute, il s'agit bien d'un virus de virus, un "virophage". Sa stratégie ? Il détourna son profit la machinerie cellulaire de l'amibe infectée, déjà piratée par Mammavirus, pour se multiplier. C'est le premier jamais décrit, alors que les virus infectant des bactéries sont connus depuis 1915. Cette découverte est retentissante, car les virus étaient jusqu'alors considérer comme non vivants. Or, si Mammavirus peut être infecté et en souffrir, c'est qu'il n'est pas si inerte que cela.

Ils peuvent être géants, tomber malades. Certains seraient même vivants. Les nouveaux virus découverts par les biologistes bouleversent tous les dogmes.

Petite cohue joyeuse dans la cafétéria de la faculté de médecine de Marseille. Des étudiants potassent bruyamment. Entre bouchées et rires, ils s'interrogent sur l'un des classiques de la biologie : la cellule. Son noyau, son cytoplasme, sa membrane, ses organites... Du solide, du sûr. Cette cellule-type qui illustre tous les bons manuels est un modèle bien établi, qui ne se discute plus depuis des décennies. On ne peut pas en dire autant du virus ! Entité étrange, à la nature obscure, éternel sujet de discorde entre scientifiques. Vivant ? Pas vivant ? Une coque - la capside enfermant du matériel génétique ADN ou ARN -, et c'est à peu près tout. Pas de métabolisme propre, l'obligation de parasiter une cellule pour se multiplier. Pour certains, un vulgaire "machin", à peine plus sophistiqué qu'une grosse molécule, pour d'autres, un véritable organisme... Les plus rudents ne se prononcent pas.
C'est justement un étage au-dessus de la cafétéria, dans l'unité des Rickettsies, que le débat a été sérieusement relancé ces dernières années. Dans les couloirs, Didier Raoult, le patron, promène au pas de course et avec autorité sa grande silhouette. Il finit par se poser dans son fauteuil derrière un bureau recouvert de centaines de publications scientifiques, réfléchit un instant, et se lance. À vrai dire, vivant, pas vivant, le chercheur s'en moque. "Ce qui est sûr, c'est que l'on ne voit pas beaucoup de différences entre nos virus et les bactéries", lâche-t-il, un brin provocateur. Ses virus, ce sont les désormais célèbres géants que Jean-Michel Claverie, directeur du laboratoire Information génomique et structulale à Marseille, regroupe sous le terme de girus (pour giant virus). En 2003, l'équipe de Didier Raoult tombe sur une bizarrerie : dans une amibe, un virus énorme (400 nanomètres de diamètre), baptisé Mimivirus. Le nouveau venu bouscule certains dogmes de la virologie, en particulier le premier, selon lequel les virus sont des particules très simples et non filtrables, c'est-à-dire non retenues par les filtres, car minuscules (quelques dizaines de nanomètres), plus encore que les bactéries. Or, Mimivirus est plus gros que les petites bactéries du genre Mycoplasma.

EMBONPOINT GÉNÉTIQUE

Depuis cette trouvaille inattendue, l'équipe de Didier Raoult a ouvert la chasse aux virus géants. Très vite, deux nouvelles "espèces" sont dévoilées : Mamavirus et Marseillevirus, des spécimens semblables à Mimivirus. Les recherches se poursuivent tous azimuts, dans le sol et des échantillons d'eau venant de la mer, de rivières, de fontaines publiques, de sources, de tours de réfrigération, etc. La récolte est exceptionnelle : les amibes (les amibes sont des lieux de rencontre privilégiés entre virus, bactéries et autres archées, car elles gobent tout ce qu'elle trouve dans leur environnement. Sur ces écrans de contrôle, on les voit "avaler" des billes fluorescentes), terrain de prédilection des explorateurs, car elles gobent de nombreux micro-organismes dans l'envirormement, ont livré cette année dix-neuf nouveaux exemplaires, dont un, avec ses 600 nanomètres, devrait décrocher la palme du plus gros virus connu sur la planète. "Dès qu'on en cherche, on en trouve ! commente Bernard La Scola, collaborateur de Didier Raoult. Alors que depuis toujours les virologues sont passés à côté. Et c'est normal, puisqu'ils cherchaient dans la fraction non filtrable des échantillons !"
Plus étonnant encore : en 2008, les chercheurs marseillais repèrent dans leurs prélèvements un nouveau virus. Cette fois, il est de taille "normale", mais il a une particularité inédite : il infecte Mimivirus et perturbe sa multiplication. Un virus de virus, donc ! Du jamais vu, et un nouveau coup dur pour les dogmes : les virus aussi tombent malades ! L'incroyable parasite a d'ailleurs été baptisé virophage, par analogie aux bactériophages qui infectent les bactéries. Et ce caillou dans la chaussure des virologues n'est pas un cas isolé. Parmi les géants découverts par les chercheurs marseillais cette année, l'un était aussi associé à un virophage. Autre découverte qui chahute les esprits : la taille du génome des virus géants. Mimivirus, par exemple, affiche presque 1000 gènes selon les dernières analyses menées par l'équipe de Jean-Michel Claverie en février. Un gigantisme qui ne colle pas avec les habitudes : l'agent de la grippe n'a que sept malheureux gènes. Juste ce qu'il faut pour assurer le minimum vital, entre autres la réplication et le rassemblement du génome ainsi que la fabrication de la capside. Mais alors, à quoi servent des centaines de gènes quand une dizaine devrait suffire ? "On n'en sait encore rien, répond Didier Raoult, car la plupart de ces gènes sont complètement nouveaux". Pour Jean-Michel Claverie, cet embonpoint génétique pourrait s'expliquer par l'origine même des cellules eucaryotes, plus particulièrement de ce noyau qui les distingue des procaryotes. "Je suis un réductionniste pur et dur, lance-t-il, amusé. Je pense que les virus géants sont de gros noyaux de cellules eucaryotes qui se sont échappés. Avec l'évolution, ils ont perdu des gènes inutiles dont les jonctions étaient désormais assurées par les cellules qu'ils parasitaient".
Les girus seraient donc des virus archaïques ayant conservé un nombre important de gènes hérités de leurs ancêtres, les noyaux. L'argument du chercheur tient surtout à l'observation du noyau des cellules actuelles : un compartiment à part qui ne contient que de l'ADN. Sa fonction : répliquer cet ADN en utilisant la machinerie cellulaire. Exactement ce que fait un virus à ADN. Sauf que celui-ci est incapable d'aller jusqu'au bout du processus : il sait répliquer son génome, le transcrire en ARN messager (ARNm), mais pas traduire l'ARNm en protéines, ces molécules indispensables à la vie. Parce qu'il lui manque une fonction de traduction assurée par les ribosomes. Voilà pourquoi il doit impérativement infecter une cellule, afin d'utiliser ses précieux ribosomes. La naissance du noyau imaginée par Jean-Michel Claverie aurait eu lieu il y a environ un milliard d'années, dans ce que les scientifiques appellent le monde ARN, celui des tout débuts de la vie : à cette époque prospèrent des protocellules avec un génome sous forme d'ARN et des virus à ADN. "Dans mon scénario, certains virus se sont retrouvés coincés dans les protocellules. L'ADN étant plus stable que l'ARN, il a été adopté par les cellules infestées. Les matériels génétiques de l'hôte et du parasite se sont ainsi associés dans la capside virale pour former un gros génome encapsulé, l'ancêtre des noyaux à ADN. C'est la naissance des cellules eucaryotes, Ensuite, certains noyaux se seraient échappés pour reformer de nouveaux virus, emportant avec eux des traces de leur "domestication", sous forme de quelques gènes cellulaires. A cette époque, les virus ont donc pu avoir des génomes presque aussi complexes que les cellules ancestrales dont ils s'échappaient. Le prix à payer pour cette liberté recouvrée était l'abandon des ribosomes, restés dans le cytoplasme des cellules".

IL Y A DEUX MILLIARDS D'ANNÉES...

Problème : comment sont apparus les premiers virus à ADN dans un monde qui, rappelons-le, a débuté avec des organismes à ARN ? Le professeur Patrick Forterre, directeur du département de Microbiologie à l'Institut Pasteur de Paris, a sa petite idée. Et nous invite à un nouveau bond en arrière, il y a environ deux milliards d'années. "L'histoire se déroule après une longue évolution du monde à ARN qui voit émerger les ribosomes, explique-t-il. Les cellules peuvent donc désormais synthétiser des protéines, et en particulier les enzymes. Certaines de ces enzymes sont bien connues pour permettre de passer de l'ARN à l'ADN". A la même époque apparaissent les premiers virus à ARN. Ils vont, selon le chercheur, jouer un rôle essentiel dans la transition du monde à ARN vers le monde à ADN.
Explication : ces virus à ARN attaquent des cellules elles-mêmes à ARN. Forcément reconnus, ils devaient être immédiatement attaqués à leur tour par les systèmes de défense de l'hôte. Pour éviter ces représailles, les virus changent radicalement la molécule visée, l'ARN, qu'ils convertissent en ADN. "Ils sont capables de faire ce genre de modifications pour ne pas être détectés, argumente Patrick Forterre. Par exemple, le bactériophage T4, qui infecte les bactéries Escherichia coli, modifie une partie de son ADN pour passer inaperçu". Et de nombreux virus codent pour les enzymes nécessaires à la transformation des briques de l'ARN, les ribonucléotides, en briques de l'ADN, les désoxyribonucléotides. D'autres, les rétrovirus et en particulier le VIH, utilisent l'enzyme transcriptase inverse pour transformer son ARN en ADN afin de l'insérer dans l'ADN de la cellule infectée. Une fois l'ADN apparu chez les virus, et comme cette molécule était biologiquement très intéressante, elle a conquis les cellules. Avec ce scénario, les virus auraient tout simplement fait basculer la vie du monde ARN vers le monde ADN ! La révolution culturelle qu'est en train de connaître la virologie ne s'arrête pas là. Reste à s'attaquer au débat le plus tendu : la nature du virus. Simple particule inerte ou véritable organisme ? La question a ressurgi avec vigueur lors de la découverte de Mimivirus. "En observant l'amibe au microscope électronique, nous avons remarqué une masse très dense d'où s'échappaient les particules virales, ou virions. Nous avons pensé qu'il s'agissait du noyau de l'amibe dans lequel s'activait le virus, se rappelle Jean-Michel Claverie. Mais nous nous trompions. Ces zones denses étaient des usines à virions, sortes d'organelles spécifiques créées par le virus dans la cellule pour se multiplier sans la moindre interaction avec le noyau de l'amibe. Du coup, on comprend mieux la taille du génome. Tous ces gènes ne servent pas seulement à fabriquer des virions, mais aussi à construire l'usine !"
Pour le chercheur, la véritable nature du virus est là : l'usine à virions, un authentique être vivant transitoire, capable de se multiplier en empruntant l'appareil de traduction de son hôte, c'est-à-dire les ribosomes. "Pour tenter une analogie, imaginons que les Martiens débarquent sur Terre. Ils tombent sur le spermatozoïde et constatent qu'il a 25.000 gènes. Tout ça pour modeler cette petite cellule qui ressemble à une grosse bactérie flagellée. C'est incompréhensible. Mais les choses deviennent plus claires quand ils réalisent que ces 25.000 gènes sont indispensables à la fabrication d'un être humain complet, le spermatozoïde (et son pendant femelle, l'ovule) n'étant qu'un véhicule assurant la transmission du génome. C'est exactement la même chose avec les virus. Nous nous sommes toujours focalisés sur la particule, c'est-à-dire le virion avec sa capside et son génome. Et c'est effectivement une particule inerte. Mais ce n'est qu'une étape du cycle de vie du virus qui sert à transmettre les gènes. Le vrai virus, c'est l'usine à virus ou plutôt l'usine à virions".

VIRUS OU GIRUS ?

Mais ce concept ne vaut que pour les gros virus. D'où la notion de girus proposée par Jean-Michel Claverie : "Il est ridicule de classer dans la même catégorie un virus de la grippe ou du sida et leurs quelques gènes et les virus géants. Virus et girus sont des entités à part qui n'ont probablement aucune origine commune". Si Patrick Forterre est d'accord avec la nécessité de revoir la place des virus dans le monde vivant, il en propose toutefois une vision différente : "Pour bien comprendre, il faut prendre le cas extrême de virus qui, lorsqu'ils infectent une cellule, en prennent le contrôle total, dégradent son génome et modifient sa membrane. Il reste alors une cellule transformée, dans laquelle le seul génome qui persiste appartient au virus. C'est en quelque sorte une cellule de virus, que je qualife de cellule virale, virocell en anglais". Le virus serait donc alors un organisme ayant un cycle de vie en deux étapes : la phase hors de la cellule, caractérisée par le virion, puis l'étape cellulaire caractérisée par la cellule virale. Or, aujourd'hui, le virion est souvent considéré comme le virus.
À cette cellule virale, Patrick Forterre oppose la ribocellule, ou ribocell en anglais, c'est-à-dire toutes les cellules équipées de ribosomes. Didier Raoult et Patrick Forterre ont ainsi proposé de diviser le monde vivant en deux ensembles : les organismes produisant des virions d'un côté, ceux produisant des ribosomes de l'autre. L'un des facteurs majeurs de l'évolution serait le conflit permanent entre les uns et les autres.

QUAND LES VIRUS ATTAQUENT L'ARBRE DE LA VIE L'une des conséquences de la théorie de l'évolution est la construction d'arbres phylogénétiques ou arbres du vivant, qui relient les espèces entre elles selon leurs ancêtres communs. Chaque noud représente l'ancêtre commun de ses descendants, Mais dans la revue The Lancet, Didier Raoult remettait en cause, en janvier dernier, cette représentation : "La génomique a montré que l'information génétique des organismes avait de multiples sources. Elle ne provient pas seulement des parents, de manière verticale, mais aussi, de manière horizontale, d'échanges de gènes entre espèces. C'est frappant chez l'amibe, qui est l'hôte de nombreux virus géants et de bactéries. Or, tous ces organismes s'échangent des gènes entre eux et avec l'amibe. Même le génome humain est une mosaïque de gènes viraux, bactériens et eucaryotes. Les bactéries ont des gènes d'archées, d'eucaryotes, de virus, etc. Récemment, on s'est rendu compte que la bactérie Wolbachia pouvait insérer la totalité de son génome dans celui de son hôte. Enfin, on sait maintenant qu'il n'existe pas deux gènes qui auraient la même histoire le long de l'arbre de la vie. Alors deux organismes qui auraient un "ancêtre commun"... Conséquence : représenter la vie sous la forme d'un arbre soutenu par un ancêtre commun semble dépassé. "Les gènes sont des créations nouvelles issus de fusions, de dégradations, de transferts latéraux et d'autres événements. Et cela explique pourquoi certains ne se trouvent que dans un seul organisme", poursuit Didier Raoult. Sa proposition : une représentation dans laquelle les organismes émergent d'une multitude de "racines" d'origines très diverses (eucaryotes, bactéries, archées, champignons, virus), le "rhizome de la vie". Une vision que conteste Patrick Forterre : "Ne confondons pas génomes et organismes. L'ancêtre des virus géants était sans doute déjà un virus géant. Il faut distinguer l'arbre des descendants de Luca, le dernier ancêtre commun aux ribocellules modernes, et le nuage complexe d'organismes viraux qui l'entoure". Et voilà relancés d'anciens débats sur la représentation du monde vivant...

LES MONSTRES DES SOURCES CHAUDES Le virus AFV1 est pourvu de "pinces" qui lui permettraient de s'accrocher sur les filaments d'archée. Il se passe des choses bizarres chez les archées hyperthermophiles. Dans ces microbes ressemblant aux bactéries qui prospèrent dans les sources chaudes à plus de 80 %, David Prangishvili, virologue dans l'équipe de Patrick Forterre à l'Institut Pasteur de Paris, a découvert une diversité de virus très étranges et jusque-là jamais observés. Habituellement, les virus sont représentés sous forme d'une particule composée d'une capside régulière, symétrique, enfermant du matériel génétique (ADN ou ARN). Ce n'est pas du tout ce qu'observent les chercheurs de l'Institut Pasteur dans ces archées. Sous leur microscope électronique, ils ont par exemple photographié des spécimens très complexes, en forme de bouteille. "Nous les avons trouvés dans des archées collectées dans une source chaude près de Naples. On n'arrive pas à comprendre cette structure étrange, comment elle fonctionne", avoue David Prangishvili. Autre découverte inédite : des virus filiformes présentant à chaque extrémité une sorte de pince qui s'accroche sur les filaments d'archées. "Nous pensons qu'une fois accroché, le virus glisse le long du filament pour ensuite pénétrer dans la cellule", explique David Prangishvili. Bizarrerie encore, le SIRV2, un drôle de virus trouvé en Islande dans l'archée Sulfolobus islandicus. Lors de l'infection, il met le génome de son hôte en bouillie et forme à sa surface d'étonnantes pyramides régulières à sept faces. Ce mystère des pyramides est à l'étude : "À la fin de l'infection, on remarque que l'archée est ponctuée de trous à l'emplacement de ces structures. Il est probable qu'elles soient produites par le virus, et que c'est par là qu'il sort de la cellule vidée", suppose David Prangishvili. Mais la découverte la plus incroyable est très certainement ce virus nommé ATV, collecté dans une source chaude (85 à 93°C) et acide à Pozzuoli, en Italie. Il a la forme d'un citron présentant à chaque bout une queue filamenteuse qui lui sert à infecter son hôte présent dans l'eau quand la température dépasse les 80°. Problème : quand le virus, encore en forme de citron, est libre, hors de son hôte et dans une eau à plus de 80°, ses deux queues se mettent à pousser. Or, c'est théoriquement impossible, car un virus, selon les dogmes de la virologie, est complètement inerte lorsqu'il n'est pas dans une cellule. Il ne peut rien fabriquer sans les ribosomes et l'énergie de la machinerie cellulaire de son hôte. "Les filaments s'allongent dès que l'infestation est possible, c'est-à-dire quand les conditions de température sont suffisantes pour que l'hôte du virus soit présent. Nous étudions cette structure, mais nous n'avons toujours pas compris comment elle pouvait se former", conclut David Prangishvili.

Des chercheurs ont observé un virus s'attaquant à d'autres virus. Une surprise qui illustre la grande diversité du monde viral. Dans l'amibe, les particules pathogènes, baptisées Spoutnik, empêchent le mamavirus de se répliquer.

C'est l'histoire de l'arroseur arrosé dans le monde des micro-organismes : des chercheurs du CNRS et de l'université d'Aix-Marseille ont découvert le premier virus qui s'attaque... à des virus ! L'équipe de Didier Raoult avait déjà révélé en 2003 le mimivirus, un virus géant infectant des amibes. Elle vient d'en isoler une souche encore plus grande : le mamavirus. C'est dans ce dernier qu'ont été observées d'étranges particules pathogènes, baptisées Spoutnik.
Lors d'une coïnfection, le virus géant se fait "doubler" par les petits Spoutnik, qui utilisent plus rapidement que lui la machinerie cellulaire de l'amibe hôte. Le virus géant est ainsi empêché d'assurer son cycle de réplication. Résultat, il produit des virions défectueux et son potentiel infectieux est diminué de près de 70 %. L'analyse du génome du virophage Spoutnik a révélé une surprenante composition génétique, fruit d'un mélange inhabituel. Huit des 21 gènes potentiels identifiés sont homologues de gènes de virus géants, mais aussi d'autres virus très différents (virus d'archae ou virus à ADN, eucaryotes et bactériens). Ce qui suggère que le virophage pourrait attaquer diverses cibles virales. Les autres gènes révèlent des similitudes avec des organismes océaniques, ce qui laisse penser qu'il serait répandu dans les océans. Cette découverte montre la richesse du monde viral et plaiderait pour l'inclusion des virus dans la classification du vivant : en tombant malade, les virus font en effet un nouveau pas vers le statut d'êtres vivants ! Reste à savoir si on pourrait les utiliser pour lutter contre des virus à éliminer...