Les choanoflagellés forment un petit groupe d'Eucaryotes unicellulaires proches des métazoaires. Ces protistes flagellés ont un mode de vie colonial et non-fixés (vivant en pleine eau) ou pour certaines espèces sont associés au périphyton.

On en connait plus de 125 espèces, mais largement réparties et souvent abondantes. L'inventaire n'en est peut être pas exhaustif. La cellule mesure de 3 à 10 µm...
Parmi les microorganismes, ils sont considérés comme étant les plus proches parents vivants des premiers animaux et à ce titre sont utilisés par les biologistes évolutionnistes et la Biologie évolutive du développement comme modèle pour les reconstructions du dernier ancêtre des animaux unicellulaires. Certains processus biochimiques observés dans notre cerveau pourraient directement dériver de ceux qui sont observés chez les choanoflagellés.
Bien que discrets, ils sont très présent dans les océans où ils jouent un rôle important dans les cycles biogéochimiques et en particulier pour le cycle du carbone et le cycle de la silice.