Les champignons sont pour la plupart aérobie, c'est-à-dire qu'ils ont des besoins en oxygène peu compatible avec la vie sous l'eau étant donné leur absence d'organe respiratoire adapté. Quelques espèces, appartenant notamment aux groupe chytridiomycota (ou chytrides ou Chytridiomycètes) ; une des quatre grandes divisions du règne fongique) peuvent avoir un cycle aquatique. La plupart sont des décomposeurs mais certains sont des pathogènes de plantes aquatiques, invertébrés, poissons ou amphibiens qui s'en défendent normalement par des composés fongicides ou protecteurs produits dans leur mucus. Certaines espèces sont des symbiotes d'animaux, par exemple les Neocallimastigales font partie du microbiote (ici actives dans le rumen) des herbivores ruminants chez lesquels ils contribuent à la dégradation de la cellulose. Les champignons aquatiques et leurs fonctions écosystémiques sont mal connus, hormis pour quelques espèces pathogènes plus étudiées. HISTOIRE Les chytrides sont un groupe très ancien. Ils sont la base phylogénétique probable de tout le règne fongique, c'est-à-dire ancêtres probables des Zygomycota puis des Ascomycota et Basidiomycota. REPRODUCTION Toutes les espèces de chytrides produisent des spores mobiles (dits zoospores) à un flagelle capables de nager dans l'eau ou dans un liquide de densité proche (on les dit uniflagellés) ; c'est un fait unique dans le règne des mycètes. ALIMENTATION Ce sont des espèces saprophytes (organisme capable de se nourrir de matière organique en décomposition) et pour certains des parasites.
Il n'existe pas de classification spécifique pour les champignons aquatiques (qui ne constituent pas un groupe taxonomique), mais le groupe des chytrides qui rassemble la plupart des champignons aquatiques a été subdivisé en cinq ordres. PATHOGÉNICITÉ Une espèce (Batrachochytrium dendrobatidis ->) cause la chytridiomycose, une maladie infectieuse occasionnant la mort des amphibiens en bloquant leurs organes respiratoires (phénomène reconnu depuis 1998, en Australie et à Panama qui a été soupçonné comme co-facteur explicatif de mortalités importantes et anormales d'amphibiens). Quelques espèces peuvent s'attaquer à des plantes cultivées et riches en eau, comme le maïs et la luzerne, ou à un certain nombre d'autres plantes ; ce sont des parasites endocellulaires.
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