Certaines études du fonctionnement et de la chimie des algues - en particulier de leur ADN (la molécule qui contrôle l'héritage des caractéristiques) - ont depuis montré que les algues sont en fait un complexe d'organismes très différents. Les scientifiques en sont encore à se disputer sur la façon dont elles doivent être classées. Ces étranges organismes sont aujourd'hui généralement classés dans le règne des protistes, un fourre-tout taxonomique pour toute chose vivante qui n'est ni animal, ni plante, ni champignon, ni bactérie, ni virus.
Les algues sont des êtres vivants capables de photosynthèse dont le cycle de vie se déroule généralement en milieu aquatique. Elles constituent une part très importante de la biodiversité, et une des bases des réseaux trophiques des milieux aquatiques d'eaux douces, saumâtres et marines. Elles sont aussi utilisées dans l'alimentation humaine, par l'agriculture et par l'industrie. Les algues ne constituent pas un groupe évolutif unique, mais désignent toute une série d'organismes pouvant appartenir à des groupes phylogénétiques très différents. L'étude des algues s'appelle la phycologie. DESCRIPTION GÉNÉRALE, TYPOLOGIE De fait les algues ont souvent été définies par défaut, par simple opposition aux végétaux terrestres pluricellulaires. Dans l'acception la plus large du terme, les algues rassemblent donc, entre autres :
La morphologie est donc très diversifiée : il existe des algues qui sont unicellulaires, éventuellement mobiles, d'autres forment des filaments cellulaires ou des lames simples, d'autres développent des architectures complexes et différenciées, par apposition cellulaire ou par enchevêtrement de filaments tubulaires. Les algues ne possèdent cependant pas de tissus nettement individualisés, comme on peut en trouver parmi les végétaux terrestres vasculaires. Les couleurs des algues peuvent être très variées : verte, jaune, rouge, brune, et ont servi, dans le sillage de Lamouroux à désigner les différents groupes d'algues. Tous les végétaux aquatiques ne sont cependant pas des algues : certaines Spermaphytes sont reparties secondairement à la conquête des eaux douces (Potamogetonacées, Hydrocharitacées, Utriculaires, etc.) ou même des eaux marines (Zostéracées, Posidoniacées). Dans le sens inverse, de nombreuses algues unicellulaires ont conquis des habitats terrestres très diversifiés, pourvu qu'ils soient au moins un peu humides (ainsi, Chlamydomonas nivalis vit dans les glaciers et Trentepohlia sp. est responsable des trainées rougeâtres sur le crépi des maisons de l'ouest de la France). Certaines algues ont pu quelquefois devenir parasites ou plus célèbrement contribuer à des formes symbiotiques stabilisées, les Lichens et les Coraux. CLASSIFICATION DES ALGUES : ALGUES PROCARYOTES Traditionnellement, on classait les Cyanobactéries parmi les algues, référencées comme cyanophytes ou algues bleu-vert, bien que certains traités les en aient exclues. Elles apparaissent déjà dans des fossiles du Précambrien, datant d'environ 3,8 milliards d'années. Elles auraient joué un grand rôle dans la production de l'oxygène de l'atmosphère. Leurs cellules ont une structure procaryote typique des bactéries. La photosynthèse se produit directement dans le cytoplasme (le contenu d'une cellule vivante). Lorsqu'elles sont en symbiose avec un champignon, elles forment un lichen. CLASSIFICATION DES ALGUES : ALGUES EUCARYOTES Toutes les autres algues sont eucaryotes. Chez-elles, la photosynthèse se produit dans des structures particulières, entourées d'une membrane, qu'on appelle chloroplastes. Ces structures contiennent de l'ADN et sont similaires aux cyanobactéries validant l'hypothèse de l'endosymbiose. Trois groupes de végétaux ont des chloroplastes "primaires" :
Dans ces groupes, le chloroplaste est entouré par 2 membranes. Ceux des algues rouges ont plus ou moins la pigmentation typique des cyanobactéries, alors que la couleur verte, et celle des plantes supérieures, est due à la chlorophylle a et b. On pense raisonnablement que ces groupes ont un ancêtre commun, c'est-à-dire que l'existence des chloroplastes serait la conséquence d'un seul événement endosymbiotique.
Dans les trois premiers de ces groupes (Chromista) le chloroplaste a 4 membranes, retenant un nucléomorphe chez les Cryptophytes, et on suppose maintenant qu'ils ont en commun un ancêtre coloré. Le chloroplaste des Dinoflagellés typiques a 3 membranes, mais il y a une diversité considérable dans les chloroplastes de ce groupe, quelques membres ayant acquis leurs plastes par d'autres sources. Les Apicomplexa, un groupe de parasites étroitement apparentés, ont aussi des plastes dégénérés appelés apicoplastes, différents toutefois des véritables chloroplastes, qui semblent avoir une origine commune avec ceux des dinoflagellés. ALGUES TOXIQUES ET NUISIBLES Des algues unicellulaires microscopiques (Dinoflagellées) peuvent rendre toxiques pour l'homme les mollusques (moules, huîtres, praires, coques, palourdes...) et les rendre impropres à la consommation, sous peine de troubles gastro-entériques graves ou, plus rarement, d'atteintes neuro-musculaires ; phénomène assez récurrent dans la mytiliculture du bassin de Thau en Languedoc et sur les côtes de l'Atlantique, notamment en Bretagne et en Vendée. Sargassum muticum, algue brune introduite accidentellement en Europe en 1973 avec des huitres japonaises, a colonisé rapidement le littoral atlantique de l'Espagne à la Norvège ainsi que la Méditerranée occidentale jusqu'à Venise. Elle est toxique et n'est pas consommée par la faune locale. Elle se substitue à la flore locale et constitue une nuisance importante pour la conchyliculture. Elle prolifère particulièrement dans les chenaux fréquentés par les navires en raison de sa capacité de multiplication par bouturage. Ce phénomène a été clairement caractérisé pour la première fois dans les années 1970, les pollutions augmentant de manière importante dans les années 1990, avant de se stabiliser dans les années 2000. En cause : les eaux de ballast des navires, qui ont propagé les algues toxiques sur tout le globe. "L'algue tueuse", Caulerpa taxifolia, algue verte tropicale échappée accidentellement du musée océanographique de Monaco est devenue depuis quelques années envahissante en mer Méditerranée au détriment de la végétation autochtone, entre autres les herbiers de posidonie. Elle est toxique et n'est pas consommée par la faune locale. Les goémoniers considèrent Saccorhiza polyschides, une laminaire très robuste, sans intérêt économique, qui colonise rapidement les rochers dépouillés par l'exploitation des Laminaria digitata, comme une "mauvaise herbe".
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