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La Vie Héroïque des Archées

Abysses, puits de pétrole, marais salants... Elles survivent dans les milieux les plus inhospitaliers.

Le lac Retba (->), ou Rose, au Sénégal, doit sa couleur aux archées qui y prolifèrent. Elles sont dites halophiles, car elles prospèrent dans un milieu extrêmement salé (80 à 300 g de sel par litre).

La nuit, dans les zones marécageuses, d'étranges lueurs semblent parfois flotter au-dessus des eaux. Ces feux follets ne sont que de brefs embrasements de méthane issus de la décomposition de matière organique. Ni âmes damnées, ni esprits malins, ils révèlent pourtant l'existence d'une forme de vie si étrange et si discrète que l'homme ne l'a découverte que tout récemment. Car à l'origine de ces émanations, il y a des milliards de micro-organismes. Des méthanogènes étudiés à la fin des années 1970 par Carl Woese, un biologiste américain, qui les a analysés grâce aux toutes nouvelles méthodes de séquençage de l'ARN ribosomique (les ribosomes sont des unités cellulaires chargées de la synthèse des protéines). Ses résultats furent surprenants : ces entités jusqu'alors rattachées aux bactéries partagent bien avec elles certaines caractéristiques, comme une cellule sans noyau, une taille similaire (entre 0,1 et 15 microns) ou une forme en bâtonnet. Mais leur membrane cellulaire présente une organisation lipidique différente et, surtout, les protéines qu'elles fabriquent, beaucoup plus complexes que celles des bactéries, se rapprochent de celles des eucaryotes.
Carl Woese en a conclu qu'il "avait découvert une nouvelle forme de vie", les archéobactéries. Un terme qui leur attribuait un caractère ancestral. Mais cette notion est aujourd'hui remise en cause, la majorité des biologistes estimant que les trois règnes du vivant sont issus d'un ancêtre commun, Luca. Afin d'éviter toute confusion, le terme de "bactérie" a été supprimé du nom de ces organismes pour ne laisser que la dénomination "d'archées". Au départ, seules les méthanogènes étaient classés dans cette famille, qui s'est progressivement agrandie. En fait, chaque fois que l'homme explore un nouveau territoire, aussi inhospitalier soit-il, il y découvre des archées. Pyrolobus fumarii vit ainsi au fond des mers, à proximité des sources hydrothermales, à plus de 200 bars de pression et 100°C. D'autres peuplent les puits de pétrole ou les marais salants. La présence d'archées dans ces milieux extrêmes démontre toutes les capacités d'adaptation de la nature, ouvrant de nouvelles pistes aux exobiologistes en quête d'une vie extraterrestre. "Mais il serait réducteur de les cantonner à ces niches particulières. On retrouve des archées partout. On sait désormais qu'elles constituent 25 % de la biomasse des océans", précise le professeur Patrick Forterre, directeur du département Microbiologie de l'Institut Pasteur.
Les archées ont également colonisé d'autres organismes vivants, puisqu'il existe des méthanogènes jusque dans les intestins des ruminants... et des humains, où elles participent à la dégradation des aliments. On ne connaît cependant pas d'archées pathogènes pour l'homme. "On a coutume de dire qu'elles se débrouillent mieux dans les milieux pauvres en ressources et moins bien dans les milieux riches, poursuit le chercheur. L'être humain est un milieu riche, à l'intérieur duquel elles ne peuvent résister à la concurrence des bactéries. Le tube digestif, environnement plus difficile, est le seul endroit où on les retrouve".
La chasse aux archées, ouverte il y a deux décennies, est loin d'être finie. De nombreuses autres espèces devraient être découvertes, qui pourraient permettre à la médecine de progresser. "Etudier les archées permet de mieux comprendre les eucaryotes, y compris l'homme, conclut Patrick Forterre. Certaines molécules très difficiles à isoler chez nous, dont quelques protéines impliquées dans les processus cancéreux, sont bien plus faciles à analyser chez elles".

JOEL IGNASSE - SCIENCES ET AVENIR Hors Série > Mai > 2010
 

   
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